Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.3 ms