Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SF3A1Q15459 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SF3A1Q15459 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SF3A1Q15459 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SF3A1Q15459 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SF3A1Q15459 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SF3A1Q15459 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SF3A1Q15459 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SF3A1Q15459 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
SF3A1Q15459 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
SF3A1Q15459 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SF3A1Q15459 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
SF3A1Q15459 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SF3A1Q15459 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
SF3A1Q15459 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SF3A1Q15459 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
SF3A1Q15459 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC24.64■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 EML6-201ENST00000356458 8320 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SF3A1Q15459 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
SF3A1Q15459 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
SF3A1Q15459 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
SF3A1Q15459 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SF3A1Q15459 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SF3A1Q15459 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SF3A1Q15459 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SF3A1Q15459 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SF3A1Q15459 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SF3A1Q15459 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SF3A1Q15459 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SF3A1Q15459 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.2 ms