Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC25.73■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC25.7■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC25.7■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.71
SCN4AP35499 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC25.69■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC25.69■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SCN4AP35499 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.4 ms