Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
SMARCA1P28370 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC24.64■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC24.64■■□□□ 1.54
SMARCA1P28370 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.7 ms