Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
MSX1P28360 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
MSX1P28360 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
MSX1P28360 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
MSX1P28360 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
MSX1P28360 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
MSX1P28360 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
MSX1P28360 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
MSX1P28360 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
MSX1P28360 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
MSX1P28360 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
MSX1P28360 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
MSX1P28360 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
MSX1P28360 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
MSX1P28360 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
MSX1P28360 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
MSX1P28360 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
MSX1P28360 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
MSX1P28360 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
MSX1P28360 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
MSX1P28360 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
MSX1P28360 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
MSX1P28360 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC19.59■□□□□ 0.73
MSX1P28360 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
MSX1P28360 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC19.59■□□□□ 0.73
MSX1P28360 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC19.59■□□□□ 0.73
MSX1P28360 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
MSX1P28360 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
MSX1P28360 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
MSX1P28360 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
MSX1P28360 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
MSX1P28360 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
MSX1P28360 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
MSX1P28360 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
MSX1P28360 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
MSX1P28360 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC19.58■□□□□ 0.73
MSX1P28360 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
MSX1P28360 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
MSX1P28360 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
MSX1P28360 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC19.58■□□□□ 0.72
MSX1P28360 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.72
MSX1P28360 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.72
MSX1P28360 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC19.58■□□□□ 0.72
MSX1P28360 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.72
MSX1P28360 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
MSX1P28360 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC19.58■□□□□ 0.72
MSX1P28360 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
MSX1P28360 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.72
MSX1P28360 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
MSX1P28360 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC19.57■□□□□ 0.72
MSX1P28360 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
MSX1P28360 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
MSX1P28360 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
MSX1P28360 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
MSX1P28360 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
MSX1P28360 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
MSX1P28360 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC19.57■□□□□ 0.72
MSX1P28360 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
MSX1P28360 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
MSX1P28360 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
MSX1P28360 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
MSX1P28360 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
MSX1P28360 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
MSX1P28360 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
MSX1P28360 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
MSX1P28360 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
MSX1P28360 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
MSX1P28360 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
MSX1P28360 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC19.56■□□□□ 0.72
MSX1P28360 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC19.56■□□□□ 0.72
MSX1P28360 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
MSX1P28360 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
MSX1P28360 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
MSX1P28360 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
MSX1P28360 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
MSX1P28360 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
MSX1P28360 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
MSX1P28360 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
MSX1P28360 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
MSX1P28360 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
MSX1P28360 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
MSX1P28360 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
MSX1P28360 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
MSX1P28360 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
MSX1P28360 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
MSX1P28360 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
MSX1P28360 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
MSX1P28360 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
MSX1P28360 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC19.55■□□□□ 0.72
MSX1P28360 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
MSX1P28360 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
MSX1P28360 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
MSX1P28360 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC19.55■□□□□ 0.72
MSX1P28360 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
MSX1P28360 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
MSX1P28360 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
MSX1P28360 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
MSX1P28360 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
MSX1P28360 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
MSX1P28360 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.5 ms