Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.33■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC27.33■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC27.33■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC27.31■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC27.29■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
COL5A3P25940 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.1 ms