Protein–RNA interactions for Protein: P17096

HMGA1, High mobility group protein HMG-I/HMG-Y, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 107 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGA1P17096 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HMGA1P17096 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
HMGA1P17096 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
HMGA1P17096 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
HMGA1P17096 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
HMGA1P17096 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
HMGA1P17096 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
HMGA1P17096 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
HMGA1P17096 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HMGA1P17096 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HMGA1P17096 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HMGA1P17096 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HMGA1P17096 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HMGA1P17096 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
HMGA1P17096 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HMGA1P17096 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
HMGA1P17096 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HMGA1P17096 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
HMGA1P17096 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
HMGA1P17096 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HMGA1P17096 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
HMGA1P17096 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
HMGA1P17096 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HMGA1P17096 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HMGA1P17096 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HMGA1P17096 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HMGA1P17096 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HMGA1P17096 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HMGA1P17096 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HMGA1P17096 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HMGA1P17096 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HMGA1P17096 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HMGA1P17096 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HMGA1P17096 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HMGA1P17096 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HMGA1P17096 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HMGA1P17096 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
HMGA1P17096 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.1 ms