Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
SNHG28P0DPA3 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
SNHG28P0DPA3 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
SNHG28P0DPA3 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
SNHG28P0DPA3 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
SNHG28P0DPA3 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
SNHG28P0DPA3 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SNHG28P0DPA3 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.2 ms