Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC25.31■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC25.29■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.4 ms