Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC21.74■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.07
LHX3Q9UBR4 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC21.68■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC21.68■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC21.68■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LHX3Q9UBR4 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.7 ms