Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC25.08■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
NUP88Q99567 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC25.08■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC25.08■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC25.06■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
NUP88Q99567 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.6 ms