Protein–RNA interactions for Protein: Q92889

ERCC4, DNA repair endonuclease XPF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 916 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ERCC4Q92889 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC24.25■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC24.25■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC24.23■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
ERCC4Q92889 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.9 ms