Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 77.7 ms