Protein–RNA interactions for Protein: Q86UA1

PRPF39, Pre-mRNA-processing factor 39, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRPF39Q86UA1 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.19■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC22.16■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
PRPF39Q86UA1 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31 ms