Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC28.99■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC28.97■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC28.97■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC28.96■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC28.96■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC28.96■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.96■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC28.96■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC28.96■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
USP54Q70EL1 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC28.95■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC28.93■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC28.93■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC28.91■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC28.91■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC28.9■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC28.9■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.5 ms