Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC18.41■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC18.39■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC18.39■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
USF3Q68DE3 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
USF3Q68DE3 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.4 ms