Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
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