Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.8 ms