Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC27.46■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC27.45■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC27.45■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC27.45■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC27.43■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL5A3P25940 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL5A3P25940 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.2 ms