Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.4 ms