Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXE4

SMPD4, Sphingomyelin phosphodiesterase 4, humanhuman

Predictions only

Length 827 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMPD4Q9NXE4 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMPD4Q9NXE4 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMPD4Q9NXE4 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMPD4Q9NXE4 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMPD4Q9NXE4 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMPD4Q9NXE4 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMPD4Q9NXE4 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMPD4Q9NXE4 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMPD4Q9NXE4 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
SMPD4Q9NXE4 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMPD4Q9NXE4 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMPD4Q9NXE4 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMPD4Q9NXE4 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMPD4Q9NXE4 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMPD4Q9NXE4 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMPD4Q9NXE4 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
SMPD4Q9NXE4 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMPD4Q9NXE4 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMPD4Q9NXE4 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMPD4Q9NXE4 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMPD4Q9NXE4 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
SMPD4Q9NXE4 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMPD4Q9NXE4 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMPD4Q9NXE4 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMPD4Q9NXE4 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMPD4Q9NXE4 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMPD4Q9NXE4 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMPD4Q9NXE4 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
SMPD4Q9NXE4 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMPD4Q9NXE4 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SMPD4Q9NXE4 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SMPD4Q9NXE4 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SMPD4Q9NXE4 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMPD4Q9NXE4 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.8 ms