Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.9 ms