Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
USF3Q68DE3 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC18.51■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC18.5■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USF3Q68DE3 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.2 ms