Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP4Q13107 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP4Q13107 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP4Q13107 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP4Q13107 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP4Q13107 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP4Q13107 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP4Q13107 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP4Q13107 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP4Q13107 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP4Q13107 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP4Q13107 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP4Q13107 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP4Q13107 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
USP4Q13107 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP4Q13107 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP4Q13107 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP4Q13107 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP4Q13107 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP4Q13107 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP4Q13107 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP4Q13107 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP4Q13107 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP4Q13107 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP4Q13107 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP4Q13107 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP4Q13107 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP4Q13107 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP4Q13107 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP4Q13107 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP4Q13107 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP4Q13107 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP4Q13107 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP4Q13107 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP4Q13107 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP4Q13107 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP4Q13107 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP4Q13107 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP4Q13107 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
USP4Q13107 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
USP4Q13107 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP4Q13107 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP4Q13107 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP4Q13107 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP4Q13107 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP4Q13107 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP4Q13107 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP4Q13107 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP4Q13107 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP4Q13107 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP4Q13107 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP4Q13107 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP4Q13107 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP4Q13107 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP4Q13107 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP4Q13107 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP4Q13107 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP4Q13107 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP4Q13107 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP4Q13107 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP4Q13107 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP4Q13107 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP4Q13107 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP4Q13107 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP4Q13107 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP4Q13107 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP4Q13107 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP4Q13107 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP4Q13107 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP4Q13107 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP4Q13107 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP4Q13107 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
USP4Q13107 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP4Q13107 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP4Q13107 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP4Q13107 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP4Q13107 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP4Q13107 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP4Q13107 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP4Q13107 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP4Q13107 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP4Q13107 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP4Q13107 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP4Q13107 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP4Q13107 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP4Q13107 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP4Q13107 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP4Q13107 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP4Q13107 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
USP4Q13107 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP4Q13107 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP4Q13107 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP4Q13107 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP4Q13107 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP4Q13107 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP4Q13107 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP4Q13107 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP4Q13107 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP4Q13107 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP4Q13107 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
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