Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.9 ms