Protein–RNA interactions for Protein: P34223

SHP1, UBX domain-containing protein 1, yeast

Predictions only

Length 423 aa.

Protein		RNA				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	UniProt Accession	Gene	Ensembl Transcript ID	Length	Transcript Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SHP1	P34223	TRX3	YCR083W	384 nt		3.86	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	RPL35B	YDL136W	363 nt		3.86	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	HOM2	YDR158W	1098 nt		3.86	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	ECM34	YHL043W	513 nt		3.86	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	AGE2	YIL044C	897 nt		3.86	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	SEC28	YIL076W	891 nt		3.86	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	YLR366W	YLR366W	306 nt		3.86	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	YPT7	YML001W	627 nt		3.86	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	PSF3	YOL146W	585 nt		3.86	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	YBR141W-A	YBR141W-A	96 nt		3.86	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	YVC1	YOR087W	2028 nt		3.86	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	AIM14	YGL160W	1713 nt		3.86	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	YTM1	YOR272W	1383 nt		3.86	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	RSC1	YGR056W	2787 nt		3.85	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	YML020W	YML020W	1995 nt		3.85	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	VHS3	YOR054C	2025 nt		3.85	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	GEP7	YGL057C	864 nt		3.85	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	YGL108C	YGL108C	423 nt		3.85	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	YGR270C-A	YGR270C-A	219 nt		3.85	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	YAL065C	YAL065C	387 nt		3.85	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	RPC34	YNR003C	954 nt		3.85	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	YPL168W	YPL168W	1293 nt		3.85	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	MCM16	YPR046W	546 nt		3.85	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	NCE102	YPR149W	522 nt		3.85	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	ICS2	YBR157C	768 nt		3.85	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	NUF2	YOL069W	1356 nt		3.85	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	OPT2	YPR194C	2634 nt		3.85	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	OSH2	YDL019C	3852 nt		3.85	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	TCO89	YPL180W	2400 nt		3.84	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	YNR063W	YNR063W	1824 nt		3.84	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	RPC11	YDR045C	333 nt		3.84	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	PEX14	YGL153W	1026 nt		3.84	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	PRP18	YGR006W	756 nt		3.84	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	HTD2	YHR067W	843 nt		3.84	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	CAB2	YIL083C	1098 nt		3.84	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	BOS1	YLR078C	735 nt		3.84	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	ATG34	YOL083W	1239 nt		3.84	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	UFE1	YOR075W	1041 nt		3.84	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	IRC13	YOR235W	315 nt		3.84	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	YNR066C	YNR066C	1311 nt		3.84	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	MAK11	YKL021C	1407 nt		3.84	□□□□□ -1.79
SHP1	P34223	PDR5	YOR153W	4536 nt		3.84	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	MIC60	YKR016W	1623 nt		3.84	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	SPT23	YKL020C	3249 nt		3.83	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	YCR099C	YCR099C	468 nt		3.83	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	APA2	YDR530C	978 nt		3.83	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	YOS1	YER074W-A	258 nt		3.83	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	SPT15	YER148W	723 nt		3.83	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	YGL041W-A	YGL041W-A	465 nt		3.83	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	YGR017W	YGR017W	894 nt		3.83	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	ERV29	YGR284C	933 nt		3.83	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	BIO2	YGR286C	1128 nt		3.83	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	FIP1	YJR093C	984 nt		3.83	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	CMC1	YKL137W	336 nt		3.83	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	AHP1	YLR109W	531 nt		3.83	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	YGK3	YOL128C	1128 nt		3.83	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	YOR062C	YOR062C	807 nt		3.83	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	MRPL51	YPR100W	423 nt		3.83	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	SLM4	YBR077C	489 nt		3.83	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	ACA1	YER045C	1470 nt		3.83	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	APN2	YBL019W	1563 nt		3.83	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	PBI1	YPL272C	1554 nt		3.83	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	SLS1	YLR139C	1932 nt		3.83	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	HCA4	YJL033W	2313 nt		3.83	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	SRO7	YPR032W	3102 nt		3.82	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	RAD2	YGR258C	3096 nt		3.82	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	BUD6	YLR319C	2367 nt		3.82	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	PLM2	YDR501W	1566 nt		3.82	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	YCR100C	YCR100C	951 nt		3.82	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	FAD1	YDL045C	921 nt		3.82	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	HSP42	YDR171W	1128 nt		3.82	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	YGL218W	YGL218W	651 nt		3.82	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	ERG25	YGR060W	930 nt		3.82	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	YAL016C-B	YAL016C-B	186 nt		3.82	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	ECM4	YKR076W	1113 nt		3.82	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	REX4	YOL080C	870 nt		3.82	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	PFK27	YOL136C	1194 nt		3.82	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	SYC1	YOR179C	567 nt		3.82	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	HSH49	YOR319W	642 nt		3.82	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	TAF7	YMR227C	1773 nt		3.81	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	PRS5	YOL061W	1491 nt		3.81	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	SLX8	YER116C	825 nt		3.81	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	SRB5	YGR104C	924 nt		3.81	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	MED11	YMR112C	396 nt		3.81	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	YMR122W-A	YMR122W-A	255 nt		3.81	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	YOR073W-A	YOR073W-A	234 nt		3.81	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	YOR263C	YOR263C	408 nt		3.81	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	HAT1	YPL001W	1125 nt		3.81	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	USV1	YPL230W	1176 nt		3.81	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	CCL1	YPR025C	1182 nt		3.81	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	NHX1	YDR456W	1902 nt		3.81	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	GRS2	YPR081C	1857 nt		3.81	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	CET1	YPL228W	1650 nt		3.81	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	AKR1	YDR264C	2295 nt		3.81	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	NOC2	YOR206W	2133 nt		3.8	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	PTR3	YFR029W	2037 nt		3.8	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	HSE1	YHL002W	1359 nt		3.8	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	MSR1	YHR091C	1932 nt		3.8	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	ALG1	YBR110W	1350 nt		3.8	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	SWP82	YFL049W	1872 nt		3.8	□□□□□ -1.8

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