Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 TAF1C-212ENST00000564774 4637 ntTSL 214.23□□□□□ -0.131e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PSKH1-201ENST00000291041 3481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.131e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TRMT1L-201ENST00000367506 4392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.141e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 GPS1-215ENST00000581578 470 ntTSL 414.17□□□□□ -0.141e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PEMT-204ENST00000395783 1008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.17□□□□□ -0.141e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 RBM19-207ENST00000553232 1265 ntTSL 314.16□□□□□ -0.141e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PAPSS1-207ENST00000514489 579 ntTSL 414.16□□□□□ -0.141e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 DOK4-202ENST00000561659 814 ntTSL 1 (best)14.16□□□□□ -0.141e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 NBN-208ENST00000519426 535 ntTSL 414.15□□□□□ -0.151e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ZNF215-209ENST00000636606 2204 ntTSL 514.14□□□□□ -0.151e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 SLC9A3R2-204ENST00000563587 1037 ntTSL 2 BASIC14.14□□□□□ -0.152e-6■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 FRS2-208ENST00000550316 545 ntTSL 514.14□□□□□ -0.151e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 SLC25A26-202ENST00000354883 2673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.13□□□□□ -0.151e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 MXRA7-204ENST00000585519 540 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.13□□□□□ -0.151e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ARFGAP2-211ENST00000526948 556 ntTSL 214.13□□□□□ -0.151e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ZNF671-203ENST00000596939 977 ntTSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.151e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 POLG-205ENST00000526573 544 ntTSL 414.07□□□□□ -0.161e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 MND1-205ENST00000509752 844 ntTSL 314.05□□□□□ -0.161e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 GRM7-213ENST00000467425 3289 ntTSL 1 (best)14.05□□□□□ -0.162e-6■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 FAM219A-207ENST00000379089 3624 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC14.02□□□□□ -0.171e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 FAM219A-201ENST00000297620 3588 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.01□□□□□ -0.171e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PTPRF-214ENST00000496043 415 ntTSL 514□□□□□ -0.171e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 SLC35F2-201ENST00000375682 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.171e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 MAP7-202ENST00000432797 4375 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.98□□□□□ -0.171e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ASGR2-202ENST00000355035 1386 ntTSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.171e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ASGR2-201ENST00000254850 1396 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.171e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 SKA1-205ENST00000494518 746 ntTSL 213.97□□□□□ -0.171e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PECR-201ENST00000265322 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.181e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 AL450322.2-201ENST00000421629 759 ntTSL 3 BASIC13.95□□□□□ -0.181e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TMPRSS4-207ENST00000519236 1934 ntTSL 213.95□□□□□ -0.181e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 UNC13B-208ENST00000634487 5063 ntTSL 513.92□□□□□ -0.181e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 UNC13B-202ENST00000378496 5063 ntTSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.181e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 CARS-206ENST00000465240 658 ntTSL 213.92□□□□□ -0.181e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ABCD4-203ENST00000465085 1123 ntTSL 313.92□□□□□ -0.181e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TTC4-201ENST00000371281 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.181e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 STX10-211ENST00000593126 713 ntTSL 313.91□□□□□ -0.181e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 LGALS8-201ENST00000238181 819 ntTSL 513.9□□□□□ -0.181e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 CASD1-202ENST00000417387 352 ntTSL 313.9□□□□□ -0.181e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 POLG-215ENST00000635986 2351 ntTSL 513.9□□□□□ -0.181e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 WDFY1-204ENST00000483061 864 ntTSL 213.9□□□□□ -0.191e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 KIAA0513-202ENST00000538274 7381 ntTSL 2 BASIC13.87□□□□□ -0.191e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 IGHMBP2-212ENST00000568742 540 ntTSL 413.86□□□□□ -0.191e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 SCRN2-210ENST00000582656 550 ntTSL 213.85□□□□□ -0.192e-6■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 CYFIP2-220ENST00000617629 967 ntTSL 313.85□□□□□ -0.191e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 SLC35F2-203ENST00000525071 3331 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.84□□□□□ -0.191e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 FRS2-205ENST00000549092 584 ntTSL 413.84□□□□□ -0.191e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PPP1R32-203ENST00000432063 1472 ntTSL 1 (best) BASIC13.83□□□□□ -0.21e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 BACH1-204ENST00000435072 692 ntTSL 313.81□□□□□ -0.21e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TRIP10-205ENST00000596078 1010 ntTSL 513.8□□□□□ -0.21e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 CDK2AP1-204ENST00000538446 1161 ntTSL 5 BASIC13.74□□□□□ -0.212e-14■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ZNRF1-211ENST00000579084 571 ntTSL 513.74□□□□□ -0.211e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 MED24-232ENST00000585249 511 ntTSL 413.71□□□□□ -0.211e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TOR1AIP1-201ENST00000271583 3044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.7□□□□□ -0.221e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 DOK4-214ENST00000568617 549 ntTSL 413.69□□□□□ -0.221e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 NBN-205ENST00000494804 593 ntTSL 313.69□□□□□ -0.221e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PSMD7-205ENST00000568615 931 ntTSL 2 BASIC13.67□□□□□ -0.221e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ZNF215-207ENST00000610573 1503 ntTSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.221e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 UEVLD-213ENST00000543987 2503 ntTSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.231e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 FAM58A-205ENST00000614850 509 ntTSL 513.64□□□□□ -0.231e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TMEM14B-213ENST00000478732 344 ntTSL 513.57□□□□□ -0.241e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 MICAL1-208ENST00000630715 3678 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.241e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TMEM14B-211ENST00000473807 559 ntTSL 413.55□□□□□ -0.241e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 SKA1-203ENST00000417656 1095 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.241e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 NME1-NME2-201ENST00000376392 894 ntTSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.255e-8■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PIMREG-206ENST00000572595 1551 ntTSL 3 BASIC13.52□□□□□ -0.251e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 LINC00355-201ENST00000456627 1878 ntTSL 2 BASIC13.51□□□□□ -0.251e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PSME2-215ENST00000560788 785 ntTSL 213.49□□□□□ -0.251e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PSME2-214ENST00000560592 760 ntTSL 213.49□□□□□ -0.251e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 INTS6-201ENST00000311234 3662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.252e-6■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TCEA2-207ENST00000458442 941 ntTSL 513.48□□□□□ -0.251e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 UVRAG-204ENST00000528264 511 ntTSL 513.47□□□□□ -0.251e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ABCD4-223ENST00000555904 582 ntTSL 313.46□□□□□ -0.251e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 C18orf25-202ENST00000588730 586 ntTSL 513.45□□□□□ -0.261e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 FBXO24-209ENST00000498195 543 ntTSL 413.44□□□□□ -0.261e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 BCOR-208ENST00000413905 1945 ntTSL 513.44□□□□□ -0.261e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PPP6C-203ENST00000451402 4349 ntTSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.271e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 SLC25A14-213ENST00000543953 1403 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.271e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 MED24-217ENST00000577488 572 ntTSL 413.38□□□□□ -0.271e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 BACH1-205ENST00000447177 751 ntTSL 213.36□□□□□ -0.271e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 MGAT5B-206ENST00000565043 2923 ntTSL 1 (best)13.34□□□□□ -0.272e-14■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 MXRA7-206ENST00000589082 560 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC13.33□□□□□ -0.281e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 UNC13B-206ENST00000617908 6432 ntTSL 5 BASIC13.31□□□□□ -0.281e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 UNC13B-207ENST00000619578 6426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.281e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PTPRF-213ENST00000481019 459 ntTSL 313.28□□□□□ -0.281e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 SRGAP2-209ENST00000604247 2499 nt13.27□□□□□ -0.292e-14■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 GPS1-220ENST00000583885 594 ntTSL 413.27□□□□□ -0.291e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 CARD8-204ENST00000517510 2016 ntTSL 513.27□□□□□ -0.291e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 EVL-207ENST00000553875 837 ntTSL 213.25□□□□□ -0.291e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 DNAJB14-212ENST00000610281 339 ntTSL 5 BASIC13.23□□□□□ -0.291e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 AREL1-212ENST00000556202 2639 ntTSL 513.21□□□□□ -0.292e-6■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 UMPS-203ENST00000462091 2001 ntTSL 1 (best)13.21□□□□□ -0.31e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ZNF701-204ENST00000540331 5538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.31e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ARFGAP2-214ENST00000527927 850 ntTSL 513.19□□□□□ -0.31e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 INTS6-207ENST00000469430 3767 ntTSL 213.19□□□□□ -0.32e-6■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 RAPGEF6-213ENST00000514179 2200 ntTSL 213.19□□□□□ -0.31e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 KIAA0513-201ENST00000258180 7404 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.31e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 KIAA0319L-202ENST00000373266 2377 ntTSL 5 BASIC13.18□□□□□ -0.31e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 UGGT1-205ENST00000438277 3113 ntTSL 1 (best)13.16□□□□□ -0.31e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PABPC1L-215ENST00000489068 442 ntTSL 313.15□□□□□ -0.32e-14■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 MRPL19-203ENST00000409374 1076 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.311e-7■■■■■ 172.3
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1913.7 ms