Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
VPS28Q9UK41 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
VPS28Q9UK41 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.1 ms