Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
LHX3Q9UBR4 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LHX3Q9UBR4 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LHX3Q9UBR4 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
LHX3Q9UBR4 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LHX3Q9UBR4 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LHX3Q9UBR4 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
LHX3Q9UBR4 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LHX3Q9UBR4 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LHX3Q9UBR4 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
LHX3Q9UBR4 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
LHX3Q9UBR4 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
LHX3Q9UBR4 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
LHX3Q9UBR4 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
LHX3Q9UBR4 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
LHX3Q9UBR4 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LHX3Q9UBR4 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
LHX3Q9UBR4 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
LHX3Q9UBR4 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LHX3Q9UBR4 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
LHX3Q9UBR4 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
LHX3Q9UBR4 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
LHX3Q9UBR4 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
LHX3Q9UBR4 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
LHX3Q9UBR4 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
LHX3Q9UBR4 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
LHX3Q9UBR4 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
LHX3Q9UBR4 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
LHX3Q9UBR4 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
LHX3Q9UBR4 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
LHX3Q9UBR4 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
LHX3Q9UBR4 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
LHX3Q9UBR4 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
LHX3Q9UBR4 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
LHX3Q9UBR4 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
LHX3Q9UBR4 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.7 ms