Protein–RNA interactions for Protein: Q9NRJ3

CCL28, C-C motif chemokine 28, humanhuman

Predictions only

Length 127 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCL28Q9NRJ3 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC17.83■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
CCL28Q9NRJ3 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCL28Q9NRJ3 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.9 ms