Protein–RNA interactions for Protein: Q9H1J1

UPF3A, Regulator of nonsense transcripts 3A, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF3AQ9H1J1 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
UPF3AQ9H1J1 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
UPF3AQ9H1J1 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
UPF3AQ9H1J1 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
UPF3AQ9H1J1 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
UPF3AQ9H1J1 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
UPF3AQ9H1J1 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
UPF3AQ9H1J1 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
UPF3AQ9H1J1 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC24.21■■□□□ 1.47
UPF3AQ9H1J1 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
UPF3AQ9H1J1 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
UPF3AQ9H1J1 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
UPF3AQ9H1J1 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
UPF3AQ9H1J1 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.47
UPF3AQ9H1J1 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
UPF3AQ9H1J1 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.47
UPF3AQ9H1J1 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC24.2■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC24.18■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC24.18■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
UPF3AQ9H1J1 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.2 ms