Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
LIM2P55344 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
LIM2P55344 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
LIM2P55344 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
LIM2P55344 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
LIM2P55344 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC20.54■□□□□ 0.88
LIM2P55344 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
LIM2P55344 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
LIM2P55344 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
LIM2P55344 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
LIM2P55344 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
LIM2P55344 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC20.54■□□□□ 0.88
LIM2P55344 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
LIM2P55344 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
LIM2P55344 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
LIM2P55344 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
LIM2P55344 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
LIM2P55344 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
LIM2P55344 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIM2P55344 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIM2P55344 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIM2P55344 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIM2P55344 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIM2P55344 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIM2P55344 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIM2P55344 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIM2P55344 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIM2P55344 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIM2P55344 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIM2P55344 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIM2P55344 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIM2P55344 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIM2P55344 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIM2P55344 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIM2P55344 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIM2P55344 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIM2P55344 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIM2P55344 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIM2P55344 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIM2P55344 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIM2P55344 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIM2P55344 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIM2P55344 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
LIM2P55344 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
LIM2P55344 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
LIM2P55344 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIM2P55344 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIM2P55344 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIM2P55344 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIM2P55344 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIM2P55344 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
LIM2P55344 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIM2P55344 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIM2P55344 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIM2P55344 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIM2P55344 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIM2P55344 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIM2P55344 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIM2P55344 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIM2P55344 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIM2P55344 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIM2P55344 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIM2P55344 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIM2P55344 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIM2P55344 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIM2P55344 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIM2P55344 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIM2P55344 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIM2P55344 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIM2P55344 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIM2P55344 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIM2P55344 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIM2P55344 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIM2P55344 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIM2P55344 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIM2P55344 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIM2P55344 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIM2P55344 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIM2P55344 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIM2P55344 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIM2P55344 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIM2P55344 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIM2P55344 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIM2P55344 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIM2P55344 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIM2P55344 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIM2P55344 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIM2P55344 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIM2P55344 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIM2P55344 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIM2P55344 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIM2P55344 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIM2P55344 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIM2P55344 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIM2P55344 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIM2P55344 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIM2P55344 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIM2P55344 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIM2P55344 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIM2P55344 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC20.47■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.5 ms