Protein–RNA interactions for Protein: P49711

CTCF, Transcriptional repressor CTCF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTCFP49711 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CTCFP49711 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CTCFP49711 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CTCFP49711 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CTCFP49711 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CTCFP49711 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CTCFP49711 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CTCFP49711 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CTCFP49711 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CTCFP49711 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CTCFP49711 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CTCFP49711 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CTCFP49711 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
CTCFP49711 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CTCFP49711 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CTCFP49711 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CTCFP49711 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
CTCFP49711 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CTCFP49711 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CTCFP49711 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CTCFP49711 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CTCFP49711 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CTCFP49711 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CTCFP49711 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CTCFP49711 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CTCFP49711 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CTCFP49711 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CTCFP49711 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CTCFP49711 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CTCFP49711 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CTCFP49711 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CTCFP49711 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CTCFP49711 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CTCFP49711 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CTCFP49711 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
CTCFP49711 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CTCFP49711 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CTCFP49711 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CTCFP49711 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CTCFP49711 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CTCFP49711 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CTCFP49711 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CTCFP49711 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CTCFP49711 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CTCFP49711 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CTCFP49711 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CTCFP49711 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CTCFP49711 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
CTCFP49711 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CTCFP49711 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CTCFP49711 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CTCFP49711 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
CTCFP49711 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
CTCFP49711 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
CTCFP49711 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CTCFP49711 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CTCFP49711 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CTCFP49711 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CTCFP49711 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CTCFP49711 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CTCFP49711 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CTCFP49711 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CTCFP49711 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CTCFP49711 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CTCFP49711 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
CTCFP49711 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CTCFP49711 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
CTCFP49711 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CTCFP49711 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CTCFP49711 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CTCFP49711 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CTCFP49711 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
CTCFP49711 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
CTCFP49711 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CTCFP49711 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CTCFP49711 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CTCFP49711 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CTCFP49711 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CTCFP49711 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CTCFP49711 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CTCFP49711 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CTCFP49711 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CTCFP49711 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CTCFP49711 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CTCFP49711 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CTCFP49711 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CTCFP49711 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CTCFP49711 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CTCFP49711 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CTCFP49711 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CTCFP49711 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CTCFP49711 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CTCFP49711 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CTCFP49711 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CTCFP49711 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
CTCFP49711 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CTCFP49711 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CTCFP49711 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CTCFP49711 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CTCFP49711 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.7 ms