Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 UBE2C-204ENST00000356455 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 ATP6V0C-203ENST00000565223 668 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 ATP6V0C-204ENST00000568562 477 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 AC092865.7-201ENST00000641832 219 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 CUTC-202ENST00000370476 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 AC012618.2-201ENST00000428058 849 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 AL121894.2-201ENST00000602977 491 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 AC010735.2-201ENST00000607970 584 ntTSL 4 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.3 ms