Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL6A1P12109 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.3 ms