Protein–RNA interactions for Protein: O60902

SHOX2, Short stature homeobox protein 2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 331 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHOX2O60902 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
SHOX2O60902 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
SHOX2O60902 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
SHOX2O60902 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC27.68■■■□□ 2.02
SHOX2O60902 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
SHOX2O60902 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
SHOX2O60902 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
SHOX2O60902 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
SHOX2O60902 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
SHOX2O60902 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
SHOX2O60902 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
SHOX2O60902 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
SHOX2O60902 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
SHOX2O60902 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC27.64■■■□□ 2.01
SHOX2O60902 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
SHOX2O60902 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
SHOX2O60902 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
SHOX2O60902 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
SHOX2O60902 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
SHOX2O60902 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
SHOX2O60902 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
SHOX2O60902 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
SHOX2O60902 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
SHOX2O60902 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
SHOX2O60902 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SHOX2O60902 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
SHOX2O60902 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
SHOX2O60902 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC27.51■■□□□ 1.99
SHOX2O60902 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
SHOX2O60902 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
SHOX2O60902 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC27.49■■□□□ 1.99
SHOX2O60902 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
SHOX2O60902 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
SHOX2O60902 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
SHOX2O60902 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
SHOX2O60902 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
SHOX2O60902 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
SHOX2O60902 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
SHOX2O60902 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
SHOX2O60902 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
SHOX2O60902 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
SHOX2O60902 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
SHOX2O60902 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.99
SHOX2O60902 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
SHOX2O60902 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
SHOX2O60902 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
SHOX2O60902 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
SHOX2O60902 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
SHOX2O60902 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
SHOX2O60902 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
SHOX2O60902 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
SHOX2O60902 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
SHOX2O60902 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
SHOX2O60902 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC27.38■■□□□ 1.97
SHOX2O60902 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
SHOX2O60902 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC27.37■■□□□ 1.97
SHOX2O60902 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
SHOX2O60902 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
SHOX2O60902 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
SHOX2O60902 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
SHOX2O60902 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
SHOX2O60902 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
SHOX2O60902 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
SHOX2O60902 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
SHOX2O60902 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
SHOX2O60902 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC27.32■■□□□ 1.96
SHOX2O60902 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
SHOX2O60902 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
SHOX2O60902 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
SHOX2O60902 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
SHOX2O60902 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
SHOX2O60902 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
SHOX2O60902 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC27.3■■□□□ 1.96
SHOX2O60902 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
SHOX2O60902 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
SHOX2O60902 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
SHOX2O60902 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
SHOX2O60902 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
SHOX2O60902 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
SHOX2O60902 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
SHOX2O60902 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC27.26■■□□□ 1.95
SHOX2O60902 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
SHOX2O60902 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
SHOX2O60902 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
SHOX2O60902 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
SHOX2O60902 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
SHOX2O60902 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
SHOX2O60902 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
SHOX2O60902 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
SHOX2O60902 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
SHOX2O60902 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
SHOX2O60902 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
SHOX2O60902 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
SHOX2O60902 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
SHOX2O60902 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
SHOX2O60902 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
SHOX2O60902 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
SHOX2O60902 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
SHOX2O60902 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
SHOX2O60902 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.1 ms