Protein–RNA interactions for Protein: Q9H9Y2

RPF1, Ribosome production factor 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 349 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPF1Q9H9Y2 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC23.51■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC23.51■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC23.48■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC23.47■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC23.47■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC23.46■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC23.46■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
RPF1Q9H9Y2 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
RPF1Q9H9Y2 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
RPF1Q9H9Y2 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
RPF1Q9H9Y2 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
RPF1Q9H9Y2 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
RPF1Q9H9Y2 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
RPF1Q9H9Y2 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
RPF1Q9H9Y2 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
RPF1Q9H9Y2 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
RPF1Q9H9Y2 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
RPF1Q9H9Y2 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
RPF1Q9H9Y2 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
RPF1Q9H9Y2 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
RPF1Q9H9Y2 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
RPF1Q9H9Y2 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
RPF1Q9H9Y2 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
RPF1Q9H9Y2 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
RPF1Q9H9Y2 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
RPF1Q9H9Y2 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
RPF1Q9H9Y2 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
RPF1Q9H9Y2 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
RPF1Q9H9Y2 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
RPF1Q9H9Y2 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
RPF1Q9H9Y2 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
RPF1Q9H9Y2 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
RPF1Q9H9Y2 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
RPF1Q9H9Y2 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
RPF1Q9H9Y2 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
RPF1Q9H9Y2 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
RPF1Q9H9Y2 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.8 ms