Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC140Q96MF4 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.2 ms