Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.8■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC29.8■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC29.8■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC29.79■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC29.79■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC29.79■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC29.79■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC29.79■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC29.79■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.79■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC29.78■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC29.78■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC29.78■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC29.78■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC29.78■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC29.78■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.77■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC29.77■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC29.77■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC29.77■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC29.77■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.77■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC29.77■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC29.76■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC29.76■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC29.76■■■□□ 2.36
NPHP3Q7Z494 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC29.75■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC29.75■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC29.74■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC29.74■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.74■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC29.73■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC29.73■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.73■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC29.73■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.72■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC29.72■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC29.72■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC29.72■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC29.72■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC29.72■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC29.72■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC29.72■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC29.71■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC29.71■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC29.71■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.71■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC29.71■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC29.71■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
NPHP3Q7Z494 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.4 ms