Protein–RNA interactions for Protein: P34896

SHMT1, Serine hydroxymethyltransferase, cytosolic, humanhuman

Predictions only

Length 483 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT1P34896 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SHMT1P34896 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SHMT1P34896 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
SHMT1P34896 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
SHMT1P34896 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC25.52■■□□□ 1.68
SHMT1P34896 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
SHMT1P34896 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SHMT1P34896 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
SHMT1P34896 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
SHMT1P34896 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
SHMT1P34896 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SHMT1P34896 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SHMT1P34896 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.67
SHMT1P34896 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.9 ms