Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 AC098829.1-201ENST00000502344 630 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
COL6A3P12111 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 YBEY-201ENST00000329319 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 YBEY-206ENST00000397701 744 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 AL035541.1-201ENST00000424850 823 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 ABCD4-228ENST00000557588 763 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL6A3P12111 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL6A3P12111 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.6 ms