Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS28Q9UK41 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS28Q9UK41 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.2 ms