Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC28BQ9BUN5 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC28BQ9BUN5 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC28BQ9BUN5 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC28BQ9BUN5 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC28BQ9BUN5 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC28BQ9BUN5 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC28BQ9BUN5 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC28BQ9BUN5 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC28BQ9BUN5 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC28BQ9BUN5 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC28BQ9BUN5 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC28BQ9BUN5 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC28BQ9BUN5 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC28BQ9BUN5 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC28BQ9BUN5 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC28BQ9BUN5 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC28BQ9BUN5 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC28BQ9BUN5 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC28BQ9BUN5 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC28BQ9BUN5 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC28BQ9BUN5 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC28BQ9BUN5 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC28BQ9BUN5 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC28BQ9BUN5 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.2 ms