Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
SCN9AQ15858 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
SCN9AQ15858 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC26.41■■□□□ 1.82
SCN9AQ15858 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC26.41■■□□□ 1.82
SCN9AQ15858 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
SCN9AQ15858 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
SCN9AQ15858 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
SCN9AQ15858 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
SCN9AQ15858 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC26.4■■□□□ 1.82
SCN9AQ15858 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
SCN9AQ15858 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC26.4■■□□□ 1.82
SCN9AQ15858 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
SCN9AQ15858 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
SCN9AQ15858 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
SCN9AQ15858 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
SCN9AQ15858 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
SCN9AQ15858 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
SCN9AQ15858 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
SCN9AQ15858 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC26.39■■□□□ 1.82
SCN9AQ15858 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
SCN9AQ15858 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
SCN9AQ15858 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC26.39■■□□□ 1.82
SCN9AQ15858 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.39■■□□□ 1.82
SCN9AQ15858 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC26.39■■□□□ 1.82
SCN9AQ15858 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
SCN9AQ15858 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC26.39■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC26.37■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC26.37■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC26.36■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC26.36■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC26.35■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC26.34■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC26.34■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
SCN9AQ15858 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.8
SCN9AQ15858 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.8
SCN9AQ15858 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC26.33■■□□□ 1.8
SCN9AQ15858 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC26.33■■□□□ 1.8
SCN9AQ15858 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
SCN9AQ15858 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC26.32■■□□□ 1.8
SCN9AQ15858 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
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