Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP4Q13107 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP4Q13107 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP4Q13107 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP4Q13107 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP4Q13107 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP4Q13107 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP4Q13107 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP4Q13107 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP4Q13107 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP4Q13107 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP4Q13107 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP4Q13107 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP4Q13107 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP4Q13107 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP4Q13107 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP4Q13107 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP4Q13107 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP4Q13107 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP4Q13107 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP4Q13107 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP4Q13107 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP4Q13107 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
USP4Q13107 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
USP4Q13107 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP4Q13107 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP4Q13107 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP4Q13107 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP4Q13107 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP4Q13107 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP4Q13107 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP4Q13107 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP4Q13107 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
USP4Q13107 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP4Q13107 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP4Q13107 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP4Q13107 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP4Q13107 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP4Q13107 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
USP4Q13107 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP4Q13107 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP4Q13107 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP4Q13107 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP4Q13107 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP4Q13107 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP4Q13107 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP4Q13107 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP4Q13107 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP4Q13107 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP4Q13107 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP4Q13107 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP4Q13107 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP4Q13107 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP4Q13107 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP4Q13107 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP4Q13107 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP4Q13107 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP4Q13107 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP4Q13107 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP4Q13107 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP4Q13107 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP4Q13107 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP4Q13107 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP4Q13107 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP4Q13107 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
USP4Q13107 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP4Q13107 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP4Q13107 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP4Q13107 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP4Q13107 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP4Q13107 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP4Q13107 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP4Q13107 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP4Q13107 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP4Q13107 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
USP4Q13107 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP4Q13107 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
USP4Q13107 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP4Q13107 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP4Q13107 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP4Q13107 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP4Q13107 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP4Q13107 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP4Q13107 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP4Q13107 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP4Q13107 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP4Q13107 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP4Q13107 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP4Q13107 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP4Q13107 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP4Q13107 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
USP4Q13107 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.23
USP4Q13107 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP4Q13107 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP4Q13107 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP4Q13107 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP4Q13107 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
USP4Q13107 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP4Q13107 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP4Q13107 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
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