Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CHD3Q12873 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CHD3Q12873 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CHD3Q12873 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CHD3Q12873 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC18.7■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC18.7■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC18.69■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC18.69■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC18.67■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC18.67■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC18.66■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC18.65■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.65■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC18.65■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.58
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