Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXD3P31249 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC16.77■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC16.77■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.7 ms