Protein–RNA interactions for Protein: O00560

SDCBP, Syntenin-1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 298 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDCBPO00560 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC18.39■□□□□ 0.54
SDCBPO00560 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
SDCBPO00560 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
SDCBPO00560 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
SDCBPO00560 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
SDCBPO00560 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
SDCBPO00560 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
SDCBPO00560 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
SDCBPO00560 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
SDCBPO00560 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
SDCBPO00560 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
SDCBPO00560 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
SDCBPO00560 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
SDCBPO00560 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
SDCBPO00560 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
SDCBPO00560 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
SDCBPO00560 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
SDCBPO00560 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
SDCBPO00560 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
SDCBPO00560 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
SDCBPO00560 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
SDCBPO00560 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
SDCBPO00560 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
SDCBPO00560 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.5 ms