Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC22.89■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.89■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 62 ms