Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC27.28■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC27.27■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC27.27■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC27.27■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC27.27■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC27.26■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC27.26■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC27.25■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC27.25■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC27.25■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC27.25■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC27.24■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC27.22■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC27.22■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC27.22■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC27.22■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
CHMP3Q9Y3E7 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC27.2■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC27.2■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC27.2■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC27.2■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 94.5 ms